【2026年10月改正】インボイス制度の経過措置と電子帳簿保存法、今おさえておきたいポイント

2023年10月にスタートしたインボイス制度は、2026年10月に大きな節目を迎えます。あわせて電子帳簿保存法への対応も引き続き必要です。今回は、直近の制度改正を踏まえて、実務で押さえておくべきポイントを整理してご紹介します。

免税事業者からの仕入れ、控除割合の経過措置が5段階に

インボイス制度では、免税事業者からの仕入れは原則として仕入税額控除の対象外ですが、急激な負担増を緩和するための経過措置があります。当初は「2023年10月〜2026年9月:80%控除」「2026年10月〜2029年9月:50%控除」という2段階の予定でしたが、令和8年度税制改正により2年延長され、次の5段階に見直されました。

・2023年10月1日〜2026年9月30日:80%控除

・2026年10月1日〜2028年9月30日:70%控除

・2028年10月1日〜2030年9月30日:50%控除

・2030年10月1日〜2031年9月30日:30%控除

・2031年10月1日以降:控除なし(0%)

現在(2026年8月)は80%控除の最終期間にあたり、2026年10月1日からは70%控除に切り替わります。免税事業者との取引がある場合は、仕入価格や取引条件の見直しを検討する時期です。

2割特例は2026年分までですが、個人事業者には「3割特例」が続きます

免税事業者からインボイス発行事業者になった事業者の納税額を売上税額の2割に軽減する「2割特例」は、2023年10月1日から2026年9月30日までの日が属する課税期間までの時限措置です。暦年課税の個人事業者は2026年分、3月決算法人は令和8年3月期をもって適用が終了します。

令和8年度税制改正では、個人事業者(基準期間の課税売上高1,000万円以下、法人は対象外)向けに、2割特例終了後の激変緩和措置として「3割特例」が新設されました。2027年分・2028年分の2年間に限り、納税額を売上税額の3割に軽減できます。これらの特例が使えなくなる事業者は、「簡易課税制度」か「原則課税」のいずれかを選択する必要があるため、早めの検討をおすすめします。

少額特例は2029年9月30日まで

税込1万円未満の課税仕入れについてインボイスの保存を不要とする「少額特例」は、基準期間の課税売上高が1億円以下、または特定期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者が対象で、2023年10月1日から2029年9月30日まで適用されます。対象外の事業者は、少額でもインボイスの保存が必要になる点にご注意ください。

電子帳簿保存法、電子取引データ保存は原則義務

2024年1月以降、メールやクラウドサービスでやり取りした請求書・領収書等の電子取引データは、紙に出力しての保存が認められず、電子データのまま保存することが義務化されています。保存には「真実性の確保」(タイムスタンプ付与や事務処理規程の整備など)と「可視性の確保」(画面・書面での速やかな確認、取引年月日・金額・取引先による検索機能)の両方が必要です。なお検索要件については、税務職員のダウンロードの求めに応じられる場合、基準期間の売上高が5,000万円以下の事業者は満たさなくてよい猶予措置があります。

今のうちに確認しておきたいこと

制度の切り替わりが集中する2026年後半は、経理担当者だけでなく、営業や購買など請求書・領収書に触れる部署全体で状況を確認しておくことをおすすめします。免税事業者との取引先をリストアップして価格・条件を見直すこと、特例が使えなくなった場合の消費税計算方法をシミュレーションしておくこと、電子取引データの保存方法が要件を満たしているか点検しておくことが、まず着手しやすいポイントです。